地源熱泵從開始研究到應用的過程中，雖然它是環保、節能、先進的空調方式，但仍然存在一些需要注意的問題：
　　
　　（1）水資源利用的問題
　　
　　水資源的利用，應建立在合理的基礎之上，對于地下水的使用問題，國家已經有相關的法律、法規、標準出臺，應嚴格執行《中華人民共和國水法》和《城市地下水開發利用保護管理規定》等法規，確保水資源不受污染，不對地質造成災害。
　　
　　（2）采取可靠的回灌手段
　　
　　大量的開采地下水而不采取可靠的回灌手段的話，后果不堪設想。應加強對水井抽取后進行回灌，還要對水井進行維護，增加水井的使用壽命。回灌水還不應污染地下水源。
　　
　　（3）設計過程中要注意水文地質問題
　　
　　利用地下水源時，要了解地源熱泵系統設計的基礎資料。要在當地完成對工程所在地的井深、水溫、水量、水質等原始資料的采集，并保證這些資料的有效性和正確性，對這些資料進行分析研究。這是一項很重要的工作，可是經常在工程實踐中被忽視，從而造成了系統的失敗，比較典型的是寧波雅戈爾工業城的例子。
　　【1】主要是出水量的問題，在提供的可行性報告中提出的是單井每小時的出水量，但實際上是單井每天的出水量，所以造成不得不采用其他的方式進行補救。
　　
　　（4）水質處理問題
　　
　　如果水質不適合直接使用于地源熱泵機組，那需要采取相應的水處理措施。
　　
　　比如用過濾器、水處理儀、沉淀池等裝置處理后再用于地源熱泵機組。一般情況下地下水不能直接用于供暖，因為地下水一般會含有一定數量的碳酸鹽、硫酸鹽、腐蝕性氣體及泥沙等物質，可以經過板式換熱器間接利用地下水，延長機組使用壽命，減少維修費用。
　　
　　（5）地下換熱器的設計
　　
　　地下換熱器的設計要注意對建筑負荷、回填材料、土壤地層特性等進行精確的勘測和分析。
　　
　　（6）國產設備的質量問題
　　
　　現在國內生產的地源熱泵產品的廠家越來越多，但大部分的產品質量和性能堪憂。由于過去沒有水源熱泵的國家標準，所以各廠家的規格、參數不一。有的設備廠家直接從別的公司買進設備，拆了自己照著做，沒有自己的設備研究和開發能力，所以造成這樣的局面也在情理之中。2002年12月6日全國制冷設備標準化委員會會議已審訂了《水源熱泵》國家標準，以后可以逐漸達到統一。【29】不過，中國暖通空調界需要更多其他的相關的地源熱泵的國家標準或規范。
　　
　　（7）合理地配置整個系統
　　
　　地源熱泵雖然是綠色的空調方式，但是沒有一套合理的系統，它的節能、環保的優勢就無法發揮出來。